ZEN es la continuación de la transmisión del dharma de maestro a discípulo, desde que el mensaje de Buda Sakyamuni, pasara a la China en el 519 gracias a Bodhidharma, y donde se le llamó Chan.
Con la influencia del Taoismo adquiere la concisión y practicidad china, logrando su plena adaptación a partir del sexto patriarca (desde Bodhidharma) Hui-Neng (637-712). El Chan pasa al Japón en el siglo VIII con el nombre de Zen, quedando aparentemente integrado dentro de la rama budista Tendai.
Eisai, a su regreso de China, introduce el Zen Rinzai, en el año 1191. Dogen de igual manera trae de la China el Zen Soto en 1227. Dogen construye el primer templo budista independiente, al margen del estado y el primer monasterio Budista Zen con unas reglas minuciosas que permanecerán inalterables hasta la actualidad.
Con Eisai y Dogen el Zen japonés ejerce una gran influencia sobre todos los aspectos de la cultura japonesa, incluyendo las artes marciales y la vía del samurai. Por ejemplo, incluso hoy en día, el japones común que trabaja en una oficina, aunque esté al margen de la religión, siente mucho respeto por el Zen.
D.T. Suzuki despierta el interés entre los intelectuales occidentales desde la segunda década del siglo XX. Sin embargo él no es un monje, sino un profesor universitario que se cuenta ha logrado el kensho o satori inicial a muy temprana edad.
El primer monje que consigue una mayor difusión en Europa, es Taisen Deshimaru Roshi de la secta Soto, llamado también el Bodhidharma de los tiempos modernos. Deshimaru funda un monasterio en Francia, que funciona con monjes Zen. La transmisión del dharma ya esta en occidente, tanto en América como en Europa, y los centros Zen tanto Soto como Rinzai están ya diseminados por todo el mundo.
Siendo el Budismo Zen una religión viva, se dan aún discrepancias entre las dos escuelas principales, Soto y Rinzai. Rinzai da más importancia al ejercicio Koan para lograr el satori, mientras que el Soto lo da al zazen Shikantaza (tan solo sentarse), Mushotoku (sin propósito alguno, ni en cuanto a salud, ni para lograr el santori). Sin embargo hay maestros que combinan las dos formas en función del temperamento de sus discípulos. Las diferencias que puedan presetntar, no merman lo esencial de todas ellas.