En 1978 el antiguo Tratado de Comercio y Tránsito entre la India y Nepal fue reemplazado por dos tratados, renovados en 1980, uno de comercio bilateral y otro permitiendo las relaciones comerciales entre Nepal y otros países, vía la India.
Las relaciones entre ambos países se deterioraron considerablemente en marzo de 1989 y la India decidió no renovar los tratados para negociar un tratado común nuevo para los dos asuntos. Nepal lo rechazó insistiendo en la importancia de tratar los dos temas de forma individual, basándose en que el comercio era tema negociable, pero el tránsito era un derecho básico reconocido internacionalmente para los países sin salida al mar. La India respondió cerrando 13 de los 15 puntos por los que pasaba la mayor parte del comercio nepalés.
Nepal sufrió entonces un importante desabastecimiento de alimentos y productos básicos. Según los comentaristas políticos, la causa principal de la disputa era la compra de armas por Nepal, incluídas las antiaéreas, a la República Popular China, hecho que, según la India, violaba el Tratado de Paz y Amistad Nepal-India de 1950. Las r elaciones diplomáticas entre ambos países siguieron restringidas durante 1989 con un aparente estancamiento en las relaciones comerciales. En junio de 1990 los dos países firmaron un comunicado conjunto restableciendo el comercio, volviendo a abrir los puntos de tránsito y asegurando consultas mutuas en materia de seguridad. Días después, el Gobierno de Nepal solicitó al Gobierno chino la suspensión indefinida de la provisión de armas a Nepal.
El Primer Ministro indio, Chandra Shekhar, visitó Katmandú en febrero de 1991 (primera visita oficial desde 1977 de un Primer Ministro indio) y poco después se anunciaron las primeras elecciones libres en Nepal, lo que contribuyó a reafirmar las tradicionales relaciones de amistad entre los dos países. En diciembre de 1991 el Primer Ministro Koirala visitó la India y firmó los dos tratados separados de comercio y tránsito, para los cinco y siete años siguientes respectivamente, renovables. En febrero de 1996 los Primeros Ministros de ambos países firmaron un tratado en Nueva Delhi para compartir el aprovechamiento de la presa del río Mahakali, para riego, consumo y aprovechamiento hidroeléctrico, que supuso un distanciamiento en las relaciones bilaterales. Los gastos y beneficios del proyecto, que incluía la construcción de un planta hidroeléctrica, debían compartirse entre la India y Nepal. Algunas voces críticas protestaron diciendo que Nepal no se beneficiaría en la misma medida que la India. A pesar de las protesta de la izquierda nepalesa, la Cámara de Representantes ratificó el Tratado de Mahakali en el mes de septiembre.
El tratado se había firmado en junio de 1997, durante la visita a Nepal del Primer Ministro indio, Inder Kumar Gujral, y la India garantizaba el acceso a los puertos de Bangladesh a través de un nuevo paso sobre territorio indio por la carretera Karkavita-Phulbari. Este acceso se amplió y reformó en 1998. Las relaciones indo-nepalesas se consolidaron tras la visita del Rey Birendra y la Reina Aishworya a la India en enero de 1999. Quedaban algunas desavenencias sobre la demarcación de las fronteras, en especial el uso por la policía fronteriza india de un territorio estratégicamente situado por ser punto de unión entre La India, Nepal y China: Kalapani, al oeste del país, con una extensión de 35 Km2, cuya soberanía reclamaba Nepal.
Sin embargo estas buenas relaciones indo-nepalíes han sufrido el desgaste de dos crisis: una, a finales de 1999, con el secuestro del avión de Indian Airlines en Kathmandú, por islamistas radicales ligados a la insurrección de Cachemira a finales del 2000, y otra, por las supuestas declaraciones anti-nepalíes de un galán de cine indio que hizo aflorar las tensiones socioeconómicas existentes y provocó manifestaciones populares anti-indias.
Nepal mantiene también importantes relaciones económicas con la República Popular de China.
En 1984 se constituyó un comité conjunto de cooperación económica, que se reunía todos los años desde 1986 cuando China aumentó sus importaciones de Nepal para equilibrar la balanza comercial. Las relaciones Nepal-China aumentaron durante finales de los 80 y los 90, intercambiando visitas oficiales, destacando la visit a de estado del Presidente chino, Jian Zeming, a Nepal en 1996. En 1985 se abrió la Región Autónoma de Xizang, frontera de Nepal con el Tíbet. Tras la escalada de violencia de grupos étnicos en 1989 en el Tíbet , se cerró la frontera indefinidamente.
En 1991 el Gobierno en funciones de Nepal canceló una visita del Dalai Lama, líder tibetano en el exilio, tras las protestas chinas producidas por el anuncio de la visita. En 1993 G.P. Koirala, hizo una visita privada al Tíbet (primera visita de un Primer Ministro de Nepal desde los años 50). En 1955 las autoridades de Nepal prohibieron una marcha de paz de los tibetanos a través de territorio nepalés.
Las relaciones con Bangladesh son también importantes , especialmente el aprovechamiento común del agua. La emigración a gran escala de Bangladesh ha supuesto una transformación demográfica para Nepal, con un aumento de la población musulmana, del 4% al 10% en la década de 1990. En diciembre de 1982 Pakistán y Nepal estrecharon sus lazos comerciales renovando un acuerdo de 1962 por el que se establecía una comisión económica conjunta y una línea aérea regular. A finales de 1991 miles de bhutaneses de origen nepalés comenzaron a llegar a campos de refugiados del este de Nepal, tras el estallido de algunas revueltas de carácter étnico y político en Bhutan. A primeros de 1996 ocho campos de refugiados de las provincias nepalesas de Jhapa y Morang acogían a 100.000 refugiados bhutaneses. En 1993 se iniciaron negociaciones para devolver a los refugiados de origen nepalés a Bhutan, pero el Gobierno de ese país se negó basándose en que la mayoría de los refugiados no eran realmente bhutaneses. En julio de 1993 los ministros de Interior de Bhutan y Nepal firmaron una declaración conjunta comprometiéndose cada parte a establecer un comité de alto nivel para trabajar en los asentamientos, incluso para la clasificación de refugiados.
En abril de 2000 el comité se había reunido numerosas veces sin llegar a progresos sustanciales para resolver el problema. En enero de 1996 el Gobierno de Nepal transfirió la responsabilidad del problema de los refugiados bhutaneses del ministro del Interior al ministro de Asuntos Exteriores. En abril de 1997 más de diez mil refugiados bhutaneses protagonizaron una manifestación en Damak, este de Nepal, e hicieron un llamamiento a la ONU para que interviniera en la crisis, con el fin de interesara la comunidad internacional en su problema. Nepal desarrolla una política de no alineación y mantiene relaciones diplomáticas con 113 países (en el año 2000). Es miembro fundador de la Asociación Surasiática de Cooperación Regional (SAARC) junto a otros seis países, fundada en 1985. La Secretaría Permanente de la Asociación se estableció en 1987 en Katmandú.
